2006年3月、防衛大臣を直接補佐する機能が与えられていなかった統合幕僚会議事務局に代わって、陸海空自衛隊を一元的に運用するために新設された組織である。統合幕僚監部には陸海空自衛隊の運用に関するあらゆる機能が集約され、自衛隊の運用に関し軍事専門的な見地から防衛大臣を補佐する。陸海空幕僚監部は教育訓練、人事、防衛力整備などの機能を持つが、作戦運用に関する権限と責任はない。防衛大臣の全ての作戦に関する命令(行動命令)は、統合幕僚監部がその作成を補佐し、統合幕僚監部を通じて陸海空自衛隊の部隊から編制される統合任務部隊に伝達され、執行される。ただし、統合幕僚監部の長である統合幕僚長には部隊を直接指揮する権限は与えられていない。現在、指揮権を持つ常設の統合司令官及び統合司令部の新設の議論が始まっている。